员工因为工伤住院不会扣除工资。员工的工资福利代为待遇还是和以前一样，原定工资是多少工伤住院期间依旧是多少的工资。员工因为是工伤所以不仅不会扣除工资还会在原定工资基础上拿到相应的赔偿。
一、员工因为工伤住院扣工资吗?
职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
二、工伤补贴的条例
根据《工伤保险条例》第三十六条 职工因工致残被鉴定为五级、六级伤残的，享受以下待遇：
(一)从工伤保险基金按伤残等级支付一次性伤残补助金，标准为：五级伤残为18个月的本人工资，六级伤残为16个月的本人工资;
(二) 保留与用人单位的劳动关系，由用人单位安排适当工作。难以安排工作的，由用人单位按月发给伤残津贴，标准为：五级伤残为本人工资的70%，六级伤残为本人工资的60%，并由用人单位按照规定为其缴纳应缴纳的各项社会保险费。伤残津贴实际金额低于当地最低工资标准的，由用人单位补足差额。
经工伤职工本人提出，该职工可以与用人单位解除或者终止劳动关系，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，支付一次性伤残就业补助金则由用人单位。由省、自治区、直辖市人民政府规定一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的具体标准。
第三十七条 职工因工致残被鉴定为七级至十级伤残的，享受以下待遇：
(一)从工伤保险基金按伤残等级支付一次性伤残补助金，标准为：七级伤残为13个月的本人工资，八级伤残为11个月的本人工资，九级伤残为9个月的本人工资，十级伤残为7个月的本人工资;
(二)劳动、聘用合同期满终止，或者职工本人提出解除劳动、聘用合同的，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。
综上所述，员工在因公受伤期间公司不会扣除员工的工资，以前是多少的工资在工伤休职期间依旧是多少的工资，并且根据工伤条例，员工在受伤期间不仅不会扣除工资还应当获得相应的补偿，如果公司拒绝补偿该员工可以向有关部门提出劳动仲裁的申请。
